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單一菌種|菌種鑒定檢測(cè)

針對(duì)純化后單一純菌株做菌種身份確認(rèn),區(qū)分:細(xì)菌、真菌(酵母 /霉菌),輸出屬、種,部分可做到亞種 / 菌株水平,可出具 CMA/CNAS報(bào)告,用于科研、申報(bào)、保藏、生產(chǎn)質(zhì)控、專利、培養(yǎng)基驗(yàn)證等場(chǎng)景。

一、常用鑒定方法(單一菌種)

1. 分子生物學(xué)鑒定(主流,準(zhǔn)確度高)

16S rRNA 細(xì)菌:通用細(xì)菌鑒定,到種水平; ITS rRNA真菌(霉菌、酵母):真菌; 部分需要更高分辨率:gyrB、rpoB、calmodulin等基因,區(qū)分近緣種。

流程:菌株 DNA 提取→PCR 擴(kuò)增目標(biāo)基因→測(cè)序→序列比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)(NCBI、EzBioCloud、UNITE)→給出菌種名稱+ 相似度。

2. 生理生化鑒定(傳統(tǒng)表型)

生化反應(yīng)、碳源利用、藥敏、培養(yǎng)形態(tài); 局限:近緣菌種區(qū)分不開(kāi),一般配合分子,很少單獨(dú)作為終判定。

3. MALDI?TOF 質(zhì)譜鑒定

快速,蛋白指紋圖譜; 適合大批量已知庫(kù)內(nèi)菌株;數(shù)據(jù)庫(kù)沒(méi)有的菌株,需要測(cè)序復(fù)核。

? 常規(guī)單一菌種鑒定:優(yōu)先選16S/ITS 測(cè)序鑒定。

二、樣品要求(非常關(guān)鍵,必須是單一純菌種)

  1. 樣品形式三選一

  • 斜面培養(yǎng)物(瓊脂斜面,新鮮活化,無(wú)雜菌)

  • 平板單菌落:已經(jīng)純化,沒(méi)有雜斑,不能混多種菌

  • 菌液:純化過(guò)夜菌液,無(wú)渾濁雜菌污染

  • ? 如果是混合菌,不能做單一菌種鑒定,需要先分離純化出單菌落。

    1. 送樣注意

  • 不建議干粉長(zhǎng)期老化菌株;老化、污染會(huì)直接鑒定失敗。

  • 標(biāo)注:預(yù)估類型(細(xì)菌 / 霉菌 / 酵母)、來(lái)源、編號(hào)。

  • 三、報(bào)告輸出內(nèi)容

    1. 菌株編號(hào)、送檢樣品描述

    2. 測(cè)序基因序列(16S/ITS)

    3. 數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果、相似度

    4. 鑒定結(jié)果:屬 + 種名

    5. 備注:相似度判斷說(shuō)明,是否存在近緣種區(qū)分局限; 可選擇 CMA/CNAS資質(zhì)蓋章,用于項(xiàng)目申報(bào)、環(huán)評(píng)、肥料、微生物制劑備案。

    四、常見(jiàn)應(yīng)用場(chǎng)景

  • 實(shí)驗(yàn)室分離得到一株菌,確認(rèn)是什么菌

  • 微生物肥料、益生菌、發(fā)酵菌株身份核驗(yàn)

  • 專利、論文菌種鑒定

  • 污染溯源(分離出單一污染菌,鑒定)

  • 菌種保藏前身份確認(rèn)

  • 五、參考周期

  • 測(cè)序鑒定:3?7 個(gè)工作日(不含菌株活化純化時(shí)間;如果樣品污染,需要客戶重新純化)

  • MALDI?TOF:1?3 個(gè)工作日(庫(kù)內(nèi)菌株)

  • 六、補(bǔ)充說(shuō)明

    1. 不是所有菌株都能 定到 “種”:部分近緣物種 16S 分辨率有限,只能定到屬,需要補(bǔ)充其它基因。

    2. 若是環(huán)境樣品(土壤、水),里面是混合菌群,不能直接做單一菌種鑒定,要先做分離純化得到單菌落。

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