混合菌種鑒定，指樣品中存在 2種及以上微生物，通過分離純化、分子生物學(xué)、生化表型等手段，區(qū)分出每一種菌種，確定物種名稱，常用于環(huán)境樣本、發(fā)酵液、生物制劑、污染菌溯源、污泥/ 復(fù)合菌劑、食品微生物污染排查。
難點：混合樣本不能直接測序，優(yōu)先單菌落分離；若無法分離，采用高通量測序做菌群組成分析（只得到物種豐度，得不到純菌株）。
適用：需要得到每一株純菌、做菌種保藏、出具正式檢測報告
樣品梯度稀釋，涂布平板，不同選擇性培養(yǎng)基培養(yǎng)；
根據(jù)菌落形態(tài)挑取不同單菌落，多次純化；
細(xì)菌：16S rRNA 基因測序；真菌 / 酵母：ITS 測序；
測序結(jié)果比對數(shù)據(jù)庫，確定菌種；
多株分別鑒定，輸出全部菌種清單。
缺點：部分難培養(yǎng)微生物無法長出，會漏檢；周期長 7?15 個工作日。
適用：復(fù)雜混合菌群、很多菌不可培養(yǎng)，只想知道里面都有哪些微生物
16S rRNA 高通量：只測細(xì)菌群落；
ITS 高通量：測真菌群落；
全宏基因組：可到物種 / 部分菌株級別，還看功能基因。
缺點：
拿不到活菌純菌株；
只能反映相對豐度，不能區(qū)分死菌活菌；
一般不能做 CMA 資質(zhì)報告，多用于科研。
液體菌液：≥5?10?mL，低溫冷藏寄送，避免反復(fù)凍融；
固體 / 污泥：2?5?g 無菌管密封；
菌劑干粉：0.5?2?g；
注意：不要加防腐劑，抑制微生物會導(dǎo)致鑒定失敗。
分離鑒定：每一株菌編號、菌落特征、測序序列、物種鑒定結(jié)果；
高通量：物種列表、相對豐度、群落結(jié)構(gòu)；
備注：說明哪些是可培養(yǎng)、哪些僅測序檢出。
分離 + 單株鑒定：單株幾百元，混合菌幾株就乘以株數(shù)；
16S 高通量單樣本：千元級別；全宏基因組價格更高。
“混合菌直接送樣測序就能全部鑒定”：不行，直接 PCR 會得到混合套峰，無法判讀，必須分離或者走高通量。
高通量結(jié)果 = 活菌：不等于，DNA 來自死菌也會被檢出。
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