蛋白質(zhì)功能注釋-日本最新sm迅雷下載無碼電影,打開腿閨蜜用黃瓜讓我爽小說

應(yīng)用場景

      對感興趣的蛋白進(jìn)行功能注釋，以便于理解這些蛋白的各種生物學(xué)意義。功能注釋包括：Gene Ontology 功能，KEGG通路，蛋白結(jié)構(gòu)域，亞細(xì)胞定位，Complex ( 復(fù)合體 )，COG/KOG 注釋。

1) Gene Ontology分析

       GO分析是一種能夠?qū)⒒蚺c基因產(chǎn)物（如蛋白質(zhì)）的各項(xiàng)信息有機(jī)聯(lián)系在一起的生物信息學(xué)分析方法，包括 BiologicalProcess（生物進(jìn)程），Cellular Component（細(xì)胞組成），MolecularFunction（分子功能）。主要來源于 UniProt-GOA 數(shù)據(jù)庫，并使用 InterProScan預(yù)測進(jìn)行補(bǔ)充注釋。

圖表展示：

       注：Gene Ontology 功能的注釋結(jié)果表格。前三列為蛋白信息、后面三列為蛋白在 GO 三大分類中的詳細(xì)描述。其中格式為“GO：0006364”的字符代表在 GO數(shù)據(jù)庫中的編號，可以登錄 GO 數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站“https://geneontology.org”查詢詳細(xì)描述信息。

2) KEGG通路注釋

       KEGG 是系統(tǒng)分析蛋白和化合物在細(xì)胞中的代謝途徑以及蛋白功能的數(shù)據(jù)庫。使用KEGG 在線服務(wù)工具 KAAS 和 KEGG mapper 獲取 KEGG 通路注釋的結(jié)果。

圖表展示：

       注 ： KEGG 通路的注釋結(jié)果表格。前三列為蛋白信息、后面三列為蛋白在 KEGG 數(shù)據(jù)庫中的信息。其中“KEGG KO No.”為 KEGG 數(shù)據(jù)庫編號；“KEGGGene”表示蛋白在 KEGG 數(shù)據(jù)庫中的基因?qū)用娴拿枋?；“KEGGpathway”表示蛋白可能參與的通路過程描述。其中格式為“map04366”的字符代表通路在 KEGG 數(shù)據(jù)庫中的編號，可以登錄KEGG 數(shù)據(jù)庫“https://www.kegg.jp”查詢詳細(xì)描述信息。

3) 蛋白結(jié)構(gòu)域注釋

      蛋白結(jié)構(gòu)域是蛋白質(zhì)中在序列上具有保守性，且一般情況下可以獨(dú)立行使功能的特定蛋白區(qū)域，與蛋白質(zhì)完成生理功能有著密切的關(guān)系，經(jīng)常被用于蛋白質(zhì)分子進(jìn)化和功能學(xué)的研究。我們基于Pfam、SMART 和 Interpro 等數(shù)據(jù)庫提供蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能注釋信息。

圖表展示：

       注： 蛋白結(jié)構(gòu)域注釋結(jié)果表格。 前三列為蛋白信息、后面兩列為蛋白在InterPro 數(shù)據(jù)庫中的描述。其中“IPR ID”為 InterPro 數(shù)據(jù)庫編號；“Domaindescription”表示蛋白包含的結(jié)構(gòu)域在InterPro 數(shù)據(jù)庫能描述，可以登錄 InterPro數(shù)據(jù)庫“https://www.ebi.ac.uk/interpro”查詢詳細(xì)描述信息。

4) 亞細(xì)胞定位

      蛋白質(zhì)只有轉(zhuǎn)運(yùn)到正確的位置才能參與細(xì)胞的各種生命活動，我們對真核生物和原核生物分別使用 wolfpsort 軟件和CELLO 軟件預(yù)測蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)定位信息。

圖表展示：

注：亞細(xì)胞定位的注釋結(jié)果表格。前三列為蛋白信息、第四列為蛋白潛在的亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)定位。

5) Complex(復(fù)合體)

      蛋白復(fù)合體是由兩個以上功能相關(guān)的蛋白通過二硫鍵或其它蛋白質(zhì)相互作用所形成的復(fù)合物。蛋白復(fù)合體種類繁多，很多性質(zhì)和功能還未研究透徹，是蛋白質(zhì)組學(xué)的重要研究對象。我們基于CORUM 網(wǎng)站進(jìn)行蛋白質(zhì)復(fù)合體的注釋（僅針對人和小鼠兩個物種）。

圖表展示：

注：Complex (復(fù)合體)注釋的結(jié)果表格。前三列為蛋白信息、第四列為蛋白可能參與形成的復(fù)合體。

6) COG/KOG注釋

       COG，即 Clusters of Orthologous Groups ofproteins。構(gòu)成每個 COG的蛋白都是被假定為來自于一個祖先蛋白，并且因此或者是直系同源蛋白（orthologs）或者是旁系同源蛋白（paralogs）。原核生物的一般稱為COG 數(shù)據(jù)庫；真核生物的一般稱為 KOG 數(shù)據(jù)庫?；?COG/KOG 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行蛋白質(zhì)功能注釋-日本最新sm迅雷下載無碼電影,打開腿閨蜜用黃瓜讓我爽小說，可以準(zhǔn)確地確定 orthologs和 paralogs。

圖表展示：

       注：COG/KOG 注釋結(jié)果表格。前三列為蛋白信息、后面三列為蛋白在 KOG 數(shù)據(jù)庫中的描述。其中“KOG category”為 KOG 的一級分類編號；“KOGNO.”為 KOG 的二級分類編號；“KOGdescription”為二級分類功能描述。

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