磷酸激酶分析-香蕉久久一區(qū)二區(qū)三區(qū)啪啪-國產(chǎn)人妻久久久精品麻豆

應(yīng)用場景

      磷酸激酶催化高能供體分子的磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移到底物，這一過程為磷酸化，一般而言磷酸化的目的是“激活”或“能化”底物分子。蛋白激酶在細(xì)胞的信號傳導(dǎo)及復(fù)雜的生命活動(dòng)中起到了廣泛而重要的作用。我們針對磷酸化修飾定量項(xiàng)目鑒定到的磷酸化位點(diǎn)預(yù)測上游磷酸激酶調(diào)控關(guān)系，進(jìn)行激酶活性分析，進(jìn)而構(gòu)建激酶-磷酸化位點(diǎn)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)并可視化。磷酸激酶相關(guān)生物信息學(xué)分析結(jié)果可以為后續(xù)激酶實(shí)驗(yàn)提供參考方向。

分析方法

      基于序列相似性原理，采用GPS或iGPS軟件預(yù)測激酶-磷酸化位點(diǎn)調(diào)控關(guān)系。由于磷酸化表達(dá)水平能夠反映激酶的調(diào)控狀態(tài)，我們通過GSEA方法分別對樣本和比較組的磷酸激酶活性進(jìn)行預(yù)測，以富集分析方法得到的NES值作為激酶活性得分評估激酶活性。根據(jù)激酶與磷酸化位點(diǎn)之間復(fù)雜的調(diào)控關(guān)系，針對每一個(gè)比較組，篩選出活性顯著激活或抑制的磷酸激酶與表達(dá)水平顯著差異的磷酸化位點(diǎn)構(gòu)建激酶調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

圖表展示

注：激酶與底物磷酸化位點(diǎn)調(diào)控關(guān)系表格。

       注：激酶活性得分（NES）條形圖。紅色代表激酶可能活性較高，處于激活狀態(tài)；藍(lán)色代表激酶可能活性較低，處于抑制狀態(tài)。

       注：激酶活性聚類熱圖。聚類熱圖橫向?yàn)闃颖净虮容^組，縱向?yàn)榧っ浮Ｔ诙啾硇蜆颖狙芯恐?，激酶活性聚類熱圖可以方便我們觀察激酶活性在相同表型中的共性，或不同表型中的特異性。探索激酶活性與表型的潛在聯(lián)系，從而進(jìn)一步篩選感興趣的激酶為后續(xù)實(shí)驗(yàn)提供參考。

      注：激酶調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)由顯著激活或抑制的激酶與差異表達(dá)的磷酸化位點(diǎn)構(gòu)成，圓形代表磷酸化位點(diǎn)，三角形代表激酶蛋白。本分析提供網(wǎng)絡(luò)的cys格式文件，支持Cytoscape軟件進(jìn)一步編輯和美化。后續(xù)可以深入分析網(wǎng)絡(luò)拓補(bǔ)結(jié)構(gòu)，在復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)中發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵的調(diào)節(jié)激酶。

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