蛋白組與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析-亞洲AV久久無碼,舔我肉縫吸我水メイリン モデルコレクション メイ

服務簡介

應用場景：

      生物體的基因表達是通過基因的轉(zhuǎn)錄、翻譯來實現(xiàn)功能性基因產(chǎn)物的合成，基因表達產(chǎn)物通常是蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄本可以反映轉(zhuǎn)錄調(diào)控機理，轉(zhuǎn)錄調(diào)控涉及到廣泛的生物學功能。蛋白質(zhì)是生物體功能的執(zhí)行者，對其表達水平的研究至關(guān)重要。因而，關(guān)聯(lián)轉(zhuǎn)錄組學和蛋白組學數(shù)據(jù)，可以系統(tǒng)、動態(tài)的描述遺傳物質(zhì)在生物體內(nèi)的表達過程，對探索生命體生物學機制、疾病機理、醫(yī)療診斷、藥物研發(fā)等提供有力幫助。關(guān)聯(lián)分析的前提：1、要求提供的轉(zhuǎn)錄組樣本名稱與蛋白組樣本名稱保持一致，確保轉(zhuǎn)錄組與蛋白組數(shù)據(jù)來源于相同樣本。2、轉(zhuǎn)錄組為有參分析，需提供參考基因組數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站鏈接。若為無參分析，蛋白組數(shù)據(jù)需要采用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)翻譯的蛋白序列作為數(shù)據(jù)庫。

受比較組個數(shù)的影響，關(guān)聯(lián)分析結(jié)果可分成兩類：1）蛋白組與轉(zhuǎn)錄組表達差異分析：比較組個數(shù)在3個以內(nèi)，關(guān)聯(lián)分析則側(cè)重于蛋白組與轉(zhuǎn)錄組表達差異分析，轉(zhuǎn)錄組需要提供比較組差異表達轉(zhuǎn)錄本文件夾（同時包含全部可定量數(shù)據(jù)），比較組的差異分析可以不要求蛋白組和轉(zhuǎn)錄組對應樣本數(shù)量上完全一致；2）比較組數(shù)多于3個，且樣本量多時，則采用定量數(shù)據(jù)整體分析，無特殊強調(diào)情況下則采用該模板，轉(zhuǎn)錄組需要提供FPKM或TPM定量文件，要求兩個組學樣本個數(shù)相同，若不同則只會針對同時存在的樣本進行分析。

1) 蛋白組與轉(zhuǎn)錄組表達差異關(guān)聯(lián)分析

分析方法：

      分別對蛋白組和轉(zhuǎn)錄組進行差異分析，篩選出顯著差異表達的轉(zhuǎn)錄本和蛋白，分析顯著差異表達的轉(zhuǎn)錄本與蛋白之間的交疊情況。然后根據(jù)基因在不同水平（轉(zhuǎn)錄水平、蛋白水平）差異表達情況進行分類，并對不同分類下的基因集進行GO 和 KEGG 通路的富集與聚類分析。

圖表展示：

注：轉(zhuǎn)錄本與其對應蛋白表達量散點圖。

注：差異表達轉(zhuǎn)錄本與差異表達蛋白質(zhì)數(shù)量分布柱形圖。

      注：蛋白（A）和轉(zhuǎn)錄本（B）的差異分析火山圖。橫軸為實驗組與對照組差異表達變化Ratio值經(jīng)過log2轉(zhuǎn)換后的值；縱軸為蛋白或轉(zhuǎn)錄本差異統(tǒng)計檢驗pvalue經(jīng)過-log10轉(zhuǎn)換后的值；其中紅色點表示蛋白或轉(zhuǎn)錄本在實驗組相對對照組顯著差異上調(diào)，藍色表示顯著差異下調(diào)，灰色表示無顯著差異。

注：差異表達蛋白與轉(zhuǎn)錄本比較分析Venn圖。

      注：轉(zhuǎn)錄組與蛋白組不同調(diào)控關(guān)系下基因的KEGG通路富集分析氣泡圖。橫軸表示log2轉(zhuǎn)換的富集倍數(shù)，縱軸為KEGG通路描述。點的顏色表示富集顯著性，點的大小表示KEGG通路分類中基因個數(shù)。

      注：基于不同調(diào)控關(guān)系下基因的KEGG通路富集的聚類熱圖。橫向代表不同調(diào)控關(guān)系分類，縱向為顯著富集的KEGG通路。不同調(diào)控關(guān)系下基因集與功能描述對應的色塊表示富集程度強弱，紅色代表富集程度強，藍色代表富集程度弱。

2)蛋白組與轉(zhuǎn)錄組表達一致性關(guān)聯(lián)分析

分析方法：

       首先，通過皮爾森相關(guān)性分析和 PCA分析，比較重復樣本在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達量的重復性，同時用散點圖展示樣本在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達的相關(guān)性。其次，通過每個基因轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達的皮爾森相關(guān)系數(shù)累積分布圖來體現(xiàn)多個實驗條件下處理的樣本在蛋白組與轉(zhuǎn)錄組之間的定量相關(guān)性，然后基于基因的皮爾森相關(guān)系數(shù)數(shù)據(jù)，對基因做KEGG通路GSEA富集分析，揭示不同調(diào)節(jié)關(guān)系下蛋白或轉(zhuǎn)錄本潛在參與的通路過程。Zui后，為探究多個處理條件下基因在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平之間的潛在關(guān)系，將蛋白與轉(zhuǎn)錄組的表達量通過層次聚類分成6 大類，每種分類中蛋白與轉(zhuǎn)錄本在表達量上存在特定的關(guān)系，并對每類蛋白進行GO和KEGG富集分析。

圖表展示：

注：兩兩樣本間蛋白組定量皮爾森相關(guān)系數(shù)聚類熱圖（A）；兩兩樣本間轉(zhuǎn)錄組定量皮爾森相關(guān)系數(shù)聚類熱圖（B）。

注：樣本在蛋白組水平的定量PCA散點圖（A）；樣本在轉(zhuǎn)錄組水平的定量PCA散點圖（B）。

      注：各樣本中基因在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達相關(guān)性分析散點圖。圖中展示了A、B、C、D四個樣本中基因在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達量的散點圖。其中橫軸為蛋白水平表達量，縱軸為轉(zhuǎn)錄水平表達量，R2表示樣本中基因在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達量的相關(guān)性程度。

      注：基因在轉(zhuǎn)錄水平與蛋白水平表達量的皮爾森相關(guān)系數(shù)分布圖。橫軸為皮爾森相關(guān)系數(shù)，縱軸為基因個數(shù)。圖中可以看出基因在轉(zhuǎn)錄水平與蛋白水平的表達量整體上有較高的相關(guān)性（皮爾森系數(shù)平均值為0.354）。

      注：基于皮爾森相關(guān)系數(shù)的KEGG通路GSEA分析結(jié)果圖。圖中左側(cè)條形顏色表示基因的皮爾森相關(guān)系數(shù)，右側(cè)方塊顏色表示KEGG通路GSEA分析的NES值。

      注：轉(zhuǎn)錄組與蛋白組表達量聚類熱圖。圖中橫向為蛋白組與轉(zhuǎn)錄組定量研究中的樣本，縱向為基因。樣本與基因?qū)纳珘K表示表達量，紅色代表表達量高，藍色代表表達量低。

      注：Cluster分類中基因的KEGG通路富集分析氣泡圖。橫軸表示log2轉(zhuǎn)換的富集倍數(shù)，縱軸為KEGG通路描述。點的顏色表示富集顯著性，點的大小表示KEGG通路分類中基因個數(shù)。