企業(yè)合并，如符合《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財(cái)稅〔2009〕59號(hào)）第五條規(guī)定的，被投資企業(yè)可以適用特殊性稅務(wù)處理，合并企業(yè)接受被合并企業(yè)資產(chǎn)和負(fù)債的計(jì)稅基礎(chǔ)，以被合并企業(yè)的原有計(jì)稅基礎(chǔ)確定，因此，被合并企業(yè)不繳納企業(yè)所得稅，被合并企業(yè)的法人股東也不繳納企業(yè)所得稅。
適用特殊性稅務(wù)處理的企業(yè)合并，根據(jù)財(cái)稅〔2009〕59號(hào)第五條和第六條規(guī)定，支付對(duì)價(jià)主要為股權(quán)或同一控制下不支付對(duì)價(jià)的。那么，被合并企業(yè)的股東為自然人的，如自然人股東取得合并企業(yè)支付的對(duì)價(jià)為股權(quán)的，是否繳納個(gè)人所得稅呢？現(xiàn)行政策對(duì)此并沒有明確規(guī)定。實(shí)務(wù)中，地方稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)此有征收個(gè)稅和不征收個(gè)稅兩種口徑，如下：
一、企業(yè)合并，被合并企業(yè)的個(gè)人股東不征收個(gè)稅。
《寧波市地方稅務(wù)局個(gè)人所得稅熱點(diǎn)政策問答（2014年第1期）》
13.問：甲企業(yè)吸收合并乙企業(yè)，企業(yè)所得稅處理符合特殊性重組的條件。其中乙企業(yè)股東全部為自然人，合并后乙企業(yè)的自然人股東按照凈資產(chǎn)公允價(jià)值的比例持有合并后企業(yè)的股權(quán)。請(qǐng)問合并之前乙企業(yè)的留存收益是否需要繳納個(gè)人所得稅？
答：對(duì)甲企業(yè)吸收合并乙企業(yè)，如企業(yè)所得稅處理符合特殊性重組條件，乙企業(yè)自然人股東所取得甲企業(yè)股權(quán)按歷史成本計(jì)價(jià)的，暫不征收個(gè)人所得稅。
如不符合上述條件的，對(duì)乙企業(yè)自然人股東應(yīng)按“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”項(xiàng)目征收個(gè)人所得稅。
二、企業(yè)合并，被合并企業(yè)的個(gè)人股東征收個(gè)稅。
《大連市地方稅務(wù)局關(guān)于加強(qiáng)企業(yè)注銷和重組自然人股東個(gè)人所得稅管理的通知》（大地稅函[2009]212號(hào)）
二、企業(yè)合并的管理
企業(yè)合并，被合并企業(yè)應(yīng)當(dāng)按照清算進(jìn)行所得稅處理，其自然人股東的個(gè)人所得稅管理按照本通知條規(guī)定執(zhí)行。
對(duì)按照《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財(cái)稅〔2009〕59號(hào)）規(guī)定，企業(yè)合并選擇特殊性稅務(wù)處理的，以被合并企業(yè)合并前的企業(yè)期末留存收益、資本公積和非股權(quán)支付對(duì)應(yīng)清算所得和損失之和，按股東所占股份比例計(jì)算的部分確認(rèn)為應(yīng)納稅所得額，計(jì)算征收“利息、股息、紅利所得”項(xiàng)目個(gè)人所得稅，應(yīng)納稅所得額=[企業(yè)期末留存收益+企業(yè)期末資本公積+（被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價(jià)值-被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)）×（非股權(quán)支付金額÷被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價(jià)值）]×股東所占股份比例。
三、如適用征收個(gè)稅，可否適用遞延納稅的個(gè)稅優(yōu)惠？
對(duì)于企業(yè)合并，自然人股東取得合并企業(yè)支付的股權(quán)對(duì)價(jià)，是否征收個(gè)稅存在爭議。實(shí)務(wù)中，建議自然人股東與當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)溝通避免稅務(wù)風(fēng)險(xiǎn)。
如適用征收個(gè)稅，是否適用《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于個(gè)人非貨幣性資產(chǎn)投資有關(guān)個(gè)人所得稅政策的通知》（財(cái)稅〔2015〕41號(hào)）規(guī)定的遞延5年納稅的規(guī)定？
《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于個(gè)人非貨幣性資產(chǎn)投資有關(guān)個(gè)人所得稅政策的通知》（財(cái)稅〔2015〕41號(hào)）條規(guī)定，個(gè)人以非貨幣性資產(chǎn)投資，屬于個(gè)人轉(zhuǎn)讓非貨幣性資產(chǎn)和投資同時(shí)發(fā)生。對(duì)個(gè)人轉(zhuǎn)讓非貨幣性資產(chǎn)的所得，應(yīng)按照“財(cái)產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”項(xiàng)目，依法計(jì)算繳納個(gè)人所得稅。
第三條規(guī)定，個(gè)人應(yīng)在發(fā)生上述應(yīng)稅行為的次月15日內(nèi)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅。納稅人一次性繳稅有困難的，可合理確定分期繳納計(jì)劃并報(bào)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案后，自發(fā)生上述應(yīng)稅行為之日起不超過5個(gè)公歷年度內(nèi)（含）分期繳納個(gè)人所得稅。
分析：適用企業(yè)所得稅特殊性稅務(wù)處理的企業(yè)合并中，如被合并企業(yè)的自然人股東取得的對(duì)價(jià)為合并企業(yè)支付的股權(quán)或者是同一控制下不支付對(duì)價(jià)的，本質(zhì)上是自然人股東換了一種投資形式，即自然人股東以放棄被合并企業(yè)的股權(quán)，取得了合并企業(yè)的股權(quán)，不屬于股權(quán)轉(zhuǎn)讓，也不屬于以被合并企業(yè)的股權(quán)投資到合并企業(yè)。因此，個(gè)人觀點(diǎn)：適用特殊性稅務(wù)處理的企業(yè)合并，被合并企業(yè)的自然人股東取得合并企業(yè)支付的股權(quán)，如適用征收個(gè)稅政策，不可以適用財(cái)稅〔2015〕41號(hào)規(guī)定的個(gè)稅遞延納稅優(yōu)惠政策。實(shí)務(wù)中，建議和主管稅務(wù)機(jī)關(guān)溝通確定是否適用財(cái)稅〔2015〕41號(hào)規(guī)定的個(gè)稅遞延納稅優(yōu)惠政策。