轉(zhuǎn)基因檢測既是對轉(zhuǎn)入的特定基因進(jìn)行檢測，通過引物將特定的啟動子和終止子合成，并在之后檢測中表現(xiàn)出來，所使用的方法通常是凝膠PCR、RTPCR、LAMP、NASBA等等

　　(1)定性PCR技術(shù)

　　在DNA的提取中，要為上述的啟動子和終止子外源基因配備引物，通過有效的儀器對待檢測的轉(zhuǎn)基因食品的NDA進(jìn)行適當(dāng)?shù)臄U(kuò)增。判定的依據(jù)就是有無特長度和序列的DNA序列和片段。例如Tung在檢測轉(zhuǎn)基因食品中的啟動子CaMV35S時用到PCR檢測技術(shù)；HUANG等在檢測乳酸中的轉(zhuǎn)基因成分時用到巢式PCR檢測技術(shù)；王保珍（哈爾濱醫(yī)科大學(xué)）研制出了用于轉(zhuǎn)基因食品的定性檢測中的電化學(xué)傳感器；朱德斌在檢測CaMV35S啟動子是使用電化學(xué)發(fā)光的PCR檢測技術(shù)；PCR定性轉(zhuǎn)基因檢測技術(shù)具有敏感性高的特點(diǎn)，但是會出現(xiàn)一些假性的現(xiàn)象：a模板的影響因素：如反應(yīng)中提取的脫氧核糖核酸在抑制因子和產(chǎn)品深加工核酸時造成破壞都會造成假陰性反應(yīng)；b當(dāng)作物被花椰菜花葉病毒感染和擁有35S的啟動子或因農(nóng)桿菌感染而帶有終止子nos時，PCR呈現(xiàn)出假陽性反應(yīng)；c在運(yùn)輸過程中或者是收獲的時候，或轉(zhuǎn)基因食品在和非轉(zhuǎn)基因食品的產(chǎn)生交叉污染時，也可以使測試結(jié)果不準(zhǔn)確。

　　(2)定量PCR技術(shù)

　　許多國家在食品轉(zhuǎn)基因成分含量有嚴(yán)格要求，因此定量檢測是十分的必要的。定量聚合酶鏈反應(yīng)檢測技術(shù)是為根據(jù)參考物為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行的檢測，分析PRC的終產(chǎn)物或者是過程的監(jiān)測，進(jìn)一步的評價(jià)轉(zhuǎn)基因食品中樣品的靶基因的拷貝數(shù)量。用于檢測轉(zhuǎn)基因食品定量聚合酶鏈反應(yīng)通常用的是：半定量聚合酶鏈反應(yīng)，實(shí)時熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)和多重定量聚合酶鏈反應(yīng)技術(shù)。如Hardegger用競爭性定量聚合酶鏈反應(yīng)檢測的35S的啟動子和終止的；王燕梅和kuribaraH用實(shí)時聚合酶鏈反應(yīng)檢測熒光定量相玉米片中的轉(zhuǎn)基因成分；Garcia-canas等用毛細(xì)管凝膠電泳分析和鑒定轉(zhuǎn)基因成分的產(chǎn)品的方法進(jìn)行檢測。競爭性的PRC也是一種終點(diǎn)型的測試，測試過程的第步驟為先構(gòu)建包含修改過的內(nèi)部標(biāo)準(zhǔn)DNA片段（競爭脫氧核糖核酸），并檢測核酸擴(kuò)增片段共同進(jìn)行擴(kuò)增，因?yàn)楦偁嶥NA和待檢測的在大小上存在顯著的差異，在瓊脂糖凝膠電泳的作用下可以將它們分開，結(jié)束產(chǎn)品的相對數(shù)量和啟動量額是成正比的，它可用于定量檢測的實(shí)施。競爭性的PRC檢測的弱點(diǎn)是風(fēng)險(xiǎn)更大的污染PRC。實(shí)時定量的聚合酶鏈反應(yīng)檢測顯著較高的靈敏度比競爭性的聚合酶鏈反應(yīng)(PRC)，它可以檢測樣品中含有2微克（每克轉(zhuǎn)基因）的基因數(shù)量，不管是處理過的還是加工過的和混合樣品都能進(jìn)行測試檢測。此外，實(shí)時熒光(PRC)聚合酶鏈反應(yīng)是使用的閉管熒光分析，不需電泳反應(yīng)的后續(xù)的處理步驟，可有效消除檢測中的核酸交叉污染。多重定量(PRC)聚合酶鏈反應(yīng)在同一反應(yīng)體系中，可以同時為兩個或更多的轉(zhuǎn)基因片段的進(jìn)行檢測，可以提高效率，節(jié)省資金，但這種方法的難度卻較大。

　　(3)印跡法

　　不管是確定外源基因的Southem印跡方法或是確定印跡核糖核酸的Northern印跡方法，基本過程的待測程序都是將待檢測的核酸段是轉(zhuǎn)移到一個特定部分的固相的支持物上，并進(jìn)一步的結(jié)合到固相支持物上，然后使用核酸探針事前標(biāo)記過的，檢測將要檢測的核酸。如周學(xué)榮和李建粵等使用Southern印跡方法檢測轉(zhuǎn)基因水稻以及轉(zhuǎn)基因油菜作物；黃曉等用Northern印跡法檢測轉(zhuǎn)基因煙草表達(dá)中的番茄花葉病毒移動蛋白。這種印跡方具有是快速方便和易于操作，在同時間可以對多個優(yōu)勢樣品進(jìn)行測試，但由于對測試樣品之前，不能對樣品進(jìn)行擴(kuò)增放大，使檢測靈敏度較低。