第一板塊：產(chǎn)品介紹

產(chǎn)品簡(jiǎn)介

免疫沉淀-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)（IP-MS）是研究蛋白質(zhì)相互作用、揭示蛋白質(zhì)作用機(jī)理的重要研究方法。本公司推出IP-MS蛋白互作組學(xué)解決方案，包含三項(xiàng)子項(xiàng)目：

技術(shù)背景

通過(guò)親和純化方法（例如：免疫沉淀、BioID等）富集待研究的目的蛋白及其相互作用蛋白，然后與對(duì)照組平行進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)。根據(jù)質(zhì)譜檢測(cè)得到的鑒定與定量數(shù)據(jù)，篩選出僅在實(shí)驗(yàn)組中存在，或?qū)嶒?yàn)組中定量值顯著較高的蛋白，這些蛋白就是目的蛋白的候選互作蛋白。

服務(wù)形式

由客戶提供IP實(shí)驗(yàn)獲得的beads樣品 → 譜度眾合以高分辨液質(zhì)聯(lián)用系統(tǒng)進(jìn)行檢測(cè) →基于質(zhì)譜檢測(cè)數(shù)據(jù)出具檢測(cè)和分析報(bào)告。

報(bào)告內(nèi)容包括（見(jiàn)文末服務(wù)配置表）：IP-MS實(shí)驗(yàn)效果和數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估結(jié)果、高可信度互作蛋白列表和可用于輔助篩選關(guān)鍵互作蛋白的注釋富集分析、蛋白互作數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘、互作網(wǎng)絡(luò)分析、篩選和互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、結(jié)合公開(kāi)蛋白互作數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘信息篩選互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)互作動(dòng)態(tài)分析等內(nèi)容。

（IP-MS服務(wù)形式流程圖）

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)

子產(chǎn)品定義

1. IP效果評(píng)估

IP-MS實(shí)驗(yàn)Zui主要的失敗原因是前期的IP實(shí)驗(yàn)效果不理想，導(dǎo)致互作蛋白鑒定過(guò)多或過(guò)少、后續(xù)無(wú)法成功驗(yàn)證。而用WB檢驗(yàn)IP實(shí)驗(yàn)效果，常因?yàn)榭贵w質(zhì)量差、WB與質(zhì)譜原理和靈敏度有差異等原因，導(dǎo)致WB結(jié)果難以預(yù)示MS結(jié)果。IP效果評(píng)估能在質(zhì)譜檢測(cè)前評(píng)估IP實(shí)驗(yàn)效果，提高后續(xù)IP-MS成功率，縮短試錯(cuò)周期。

我們推出“IP效果評(píng)估”產(chǎn)品，基于樣品中全蛋白和誘餌蛋白的質(zhì)譜鑒定和定量數(shù)據(jù)評(píng)估IP實(shí)驗(yàn)成效，判斷該樣品是否滿足進(jìn)行互作蛋白篩選或動(dòng)態(tài)互作組學(xué)的要求，在前期實(shí)驗(yàn)不理想的情況下盡快止損，并提供實(shí)驗(yàn)優(yōu)化意見(jiàn)，以獲得可靠和理想的IP-MS實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

2.互作蛋白篩選

傳統(tǒng)的IP-MS研究不設(shè)對(duì)照組，僅用單個(gè)互作實(shí)驗(yàn)樣本用于質(zhì)譜檢測(cè)，可能會(huì)鑒定到上千個(gè)蛋白，其中絕大多是非特異結(jié)合的蛋白，使得后續(xù)驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)花費(fèi)大、周期長(zhǎng)、成功率低。

我們推出的“互作蛋白篩選”產(chǎn)品，根據(jù)實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組樣品間全蛋白的定量差異篩選高可信度互作蛋白，并結(jié)合STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中已知的互作蛋白，建立完整的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，通過(guò)互作網(wǎng)絡(luò)重要性評(píng)分和功能注釋富集分析輔助選擇更可能具有研究意義的關(guān)鍵互作蛋白。

3.動(dòng)態(tài)互作組學(xué)

在細(xì)胞中，蛋白之間的相互作用很多時(shí)候都是處于動(dòng)態(tài)變化的過(guò)程中，有些互作僅在特定條件下出現(xiàn)，而有些互作會(huì)隨條件變化而發(fā)生程度上的改變。

本公司推出“動(dòng)態(tài)互作組學(xué)”產(chǎn)品，通過(guò)不同條件下多個(gè)實(shí)驗(yàn)組樣品與對(duì)照組樣品間蛋白定量的差異，篩選出誘餌蛋白的相互作用蛋白，基于誘餌蛋白定量信息校正蛋白相互作用程度，并分析不同條件下蛋白相互作用程度的變化。

4.送樣要求

第二板塊：示例數(shù)據(jù)（報(bào)告結(jié)果）

1.IP實(shí)驗(yàn)效果評(píng)估表

基于樣品中蛋白的檢測(cè)數(shù)量、定量數(shù)據(jù)和誘餌蛋白檢測(cè)情況等標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行多項(xiàng)評(píng)估，結(jié)果分為 “理想結(jié)果”“Warning”“Error”三類：① 理想結(jié)果：IP 實(shí)驗(yàn)效果和數(shù)據(jù)質(zhì)量較高，蛋白互作分析結(jié)果可信度高；②Warning：結(jié)果數(shù)據(jù)可能不太理想，蛋白互作分析結(jié)果中可能存在較多假陽(yáng)性和假陰性，需按提示優(yōu)化實(shí)驗(yàn)方法；③Error：無(wú)法通過(guò)同類樣品篩選可信的互作蛋白，需按提示更改實(shí)驗(yàn)條件和樣品后再檢測(cè)分析。

若還具有對(duì)照組樣品數(shù)據(jù)，其IP實(shí)驗(yàn)效果評(píng)估結(jié)果將更準(zhǔn)確，對(duì)于IP-MS實(shí)驗(yàn)和結(jié)果分析的指導(dǎo)意義更明確。

核心意義：判斷當(dāng)前 IP 實(shí)驗(yàn)是否有效，若有對(duì)照組數(shù)據(jù)，評(píng)估結(jié)果更準(zhǔn)確，可為后續(xù) IP-MS實(shí)驗(yàn)和結(jié)果分析提供明確指導(dǎo)，避免無(wú)效實(shí)驗(yàn)成本浪費(fèi)。

2.基于定量數(shù)據(jù)的互作蛋白篩選鑒定

在蛋白鑒定與定量列表中，會(huì)根據(jù)蛋白在不同樣品中定量的差異對(duì)其進(jìn)行篩選鑒定，實(shí)驗(yàn)樣品與對(duì)照樣品間差異倍數(shù)>4的蛋白被篩選為誘餌蛋白的互作蛋白。

互作蛋白篩選結(jié)果以火山圖展示，并對(duì)誘餌蛋白和相互作用Zui顯著的4個(gè)互作蛋白進(jìn)行標(biāo)注。橫坐標(biāo)為蛋白在實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組間的定量差異倍數(shù)，縱坐標(biāo)為差異P 值；藍(lán)色點(diǎn)表示誘餌蛋白，紅色點(diǎn)表示篩選出的互作蛋白，灰色點(diǎn)表示非特異性背景蛋白，同時(shí)標(biāo)注誘餌蛋白和相互作用Zui顯著的 4個(gè)互作蛋白。

核心意義：選擇實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組間差異倍數(shù)和 P值排名都靠前的蛋白，進(jìn)行后續(xù)驗(yàn)證和功能探索。

3.互作蛋白功能注釋富集氣泡圖

對(duì)鑒定到的蛋白進(jìn)行GO和KEGG注釋，并以鑒定到的所有蛋白列表作為背景，對(duì)篩選出的互作蛋白進(jìn)行富集分析。結(jié)果以氣泡圖展示，圖中每一行代表一個(gè)顯著富集的注釋條目，氣泡大小、顏色和橫坐標(biāo)分別表示該注釋條目的蛋白數(shù)量、富集P值及富集比值。

核心意義：選擇富集 P值排行前列或較為關(guān)注的注釋條目中的互作蛋白，開(kāi)展后續(xù)驗(yàn)證和功能分析。

4.STRING蛋白互作數(shù)據(jù)庫(kù)信息挖掘

檢索 STRING 數(shù)據(jù)庫(kù)中誘餌蛋白的所有已知蛋白相互作用，標(biāo)注互作信息的來(lái)源（實(shí)驗(yàn)、數(shù)據(jù)庫(kù)）和文獻(xiàn)出處（PMID）。

核心意義：了解誘餌蛋白相關(guān)互作蛋白的研究現(xiàn)狀，作為本次實(shí)驗(yàn)結(jié)果的補(bǔ)充和參考，輔助判斷篩選出的互作蛋白的可靠性。

5.蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

網(wǎng)絡(luò)圖中心節(jié)點(diǎn)為誘餌蛋白，其他每個(gè)節(jié)點(diǎn)表示一個(gè)互作蛋白，連線表示蛋白間存在相互作用。節(jié)點(diǎn)形狀用于展示蛋白互作信息的來(lái)源，即其為本次IP-MS實(shí)驗(yàn)鑒定到的，還是STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中已收錄的，或者二者兼有；節(jié)點(diǎn)顏色用于展示實(shí)驗(yàn)樣品與對(duì)照樣品間蛋白的差異倍數(shù)。此圖僅展示IP-MS實(shí)驗(yàn)鑒定到的Zui多前25個(gè)互作蛋白及STRING數(shù)據(jù)庫(kù)檢索到的Zui多前25個(gè)相互作用蛋白。

核心意義：直觀呈現(xiàn)誘餌蛋白與互作蛋白的關(guān)聯(lián)關(guān)系，快速識(shí)別核心互作蛋白群體。

6.關(guān)鍵結(jié)果子網(wǎng)路圖

基于 Cytohubba 重要性評(píng)分算法（Degree、DMNC、MCC 三種算法），從蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中篩選出前 20個(gè)關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)蛋白繪制子網(wǎng)絡(luò)，至少包含 4 個(gè)本次 IP-MS實(shí)驗(yàn)鑒定到的互作蛋白，顏色表示蛋白的重要性評(píng)分排序。理論上，在互作網(wǎng)絡(luò)中重要性較高的蛋白更可能參與靶標(biāo)蛋白相關(guān)的生物功能或信號(hào)通路，并在其中發(fā)揮更重要的作用。

核心意義：優(yōu)先選擇重要性評(píng)分ian列的互作蛋白，這類蛋白更可能參與靶標(biāo)蛋白相關(guān)的生物功能或信號(hào)通路，作為重點(diǎn)研究對(duì)象進(jìn)行后續(xù)驗(yàn)證和功能分析。

7.蛋白互作動(dòng)態(tài)變化和聚類結(jié)果

基于誘餌蛋白和各個(gè)互作蛋白在對(duì)照組中的定量信號(hào)，對(duì)互作蛋白在實(shí)驗(yàn)組中的定量值進(jìn)行校正和標(biāo)準(zhǔn)化，計(jì)算和評(píng)估不同條件下各個(gè)互作蛋白與誘餌蛋白的相互作用程度。

在不同條件下誘餌蛋白及互作蛋白的互作程度差異，將以折現(xiàn)圖形式展示：橫坐標(biāo)為不同比較組（對(duì)應(yīng)不同實(shí)驗(yàn)條件），縱坐標(biāo)為相互作用程度（Zui強(qiáng)互作程度校正為1，未發(fā)生互作為0），每一條折線表示一個(gè)互作蛋白，反映其與誘餌蛋白在不同條件下的互作程度變化；并且進(jìn)行mfuzz聚類分析：將所有互作蛋白根據(jù)其與誘餌蛋白互作程度的變化趨勢(shì)進(jìn)行分類，根據(jù)折線各個(gè)節(jié)點(diǎn)的縱坐標(biāo)變化，反映互作蛋白在不同條件下互作程度的變化。

核心意義：選擇不同條件下互作程度變化Zui大的蛋白，或具有特定變化趨勢(shì)的蛋白，進(jìn)行后續(xù)驗(yàn)證和功能分析，揭示不同實(shí)驗(yàn)條件對(duì)蛋白互作的影響。

基于此項(xiàng)分析，可選擇不同條件下互作程度變化Zui大的蛋白，或具有特定變化趨勢(shì)的蛋白，進(jìn)行后續(xù)驗(yàn)證和功能分析。

服務(wù)配置表

*加粗部分為重要核心結(jié)果。

第三板塊：服務(wù)案例

Chen Y, Li W, Wang S, et al. A20-mediated KEAP1 ubitrates hepatocyte ferroptosis to ameliorate autoimmunehepatitis. Gut. Published online November 4, 2025.doi:10.1136/gutjnl-2025-336363

解讀鏈接：https://mp./s/G2UdDBsBpAoJb8L

產(chǎn)品客戶評(píng)價(jià)

1.合作單位：中國(guó)科學(xué)院武漢病毒研究所

“跟你們公司合作非常愉快，銷售和售后服務(wù)都特別好，質(zhì)譜數(shù)據(jù)質(zhì)量也非常好，跟我預(yù)期的一致，我想要的目的蛋白都在里面，后期還會(huì)繼續(xù)合作?！?/p>

服務(wù)案例：Li, Huiling et al. “Rift Valley fevervirus coordinates the assembly of a programmable E3 ligase topromote viral replication.” Cell vol. 187,24 (2024): 6896-6913.e15.doi:10.1016/j.cell.2024.09.008

2.合作單位：武漢大學(xué)人民醫(yī)院劉忠純團(tuán)隊(duì)

“本次服務(wù)體驗(yàn)極為滿意。測(cè)序結(jié)果高效交付，后續(xù)分析還根據(jù)我的需求進(jìn)行了細(xì)致的拆分與優(yōu)化服務(wù)貼心又專業(yè)，體驗(yàn)感jijia！”

服務(wù)案例：Li, Ruiling et al. “CRMP2 in thehippocampus alleviates chronic stress-induced depressive-likebehaviours in mice by affecting synaptic function.” Behaviouralbrain research vol. 484 (2025): 115495.doi:10.1016/j.bbr.2025.115495

3.合作單位：上海交通大學(xué)

“服務(wù)體驗(yàn)非常棒，從咨詢到售后都讓人放心。售后團(tuán)隊(duì)專業(yè)又高效，遇到問(wèn)題能迅速給出解決方案讓人感覺(jué)很安心。整體服務(wù)超出預(yù)期，值得xinlai。”

服務(wù)案例：Xiao, Huixiang et al. “ATOH8 confers thevulnerability of tumor cells to ferroptosis by repressing SCDexpression.” Cell death and differentiation,10.1038/s4-y. 25 Mar. 2025,doi:10.1038/s4-y

4.合作單位：華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬協(xié)和醫(yī)院

“譜度眾合的IP-MS產(chǎn)品服務(wù)體驗(yàn)很棒，送樣和售后服務(wù)都做得很好，遇到問(wèn)題能及時(shí)溝通解決，數(shù)據(jù)值得xinlai！”

服務(wù)案例：Fan, Di et al. “Transducin-like enhancerof split 3 protects against lipopolysaccharide-induced inflammationthrough DEAD-box helicase 5-activating transcription factor1-protein phosphatase 2 regulatory subunit 5A signaling.” Journalof advanced research, S2090-1232(25)00200-0. 23 Mar. 2025,doi:10.1016/j.jare.2025.03.041

5.合作單位：華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院

“本次服務(wù)體驗(yàn)非常出色。從質(zhì)譜檢測(cè)到數(shù)據(jù)分析，整個(gè)流程高效且專業(yè)，篩選出了關(guān)鍵互作蛋白，為我們的研究提供了堅(jiān)實(shí)的數(shù)據(jù)支持?！?/p>

服務(wù)案例：Zhu, Jinghan et al. “Simvastatin overcomesthe pPCK1-pLDHA-SPRINGlac axis-mediated ferroptosis andchemo-immunotherapy resistance in AKT-hyperactivated intrahepaticcholangiocarcinoma.” Cancer communications (London, England) vol.45,8 (2025): 1038-1071. doi:10.1002/cac2.70036

6.合作單位：中山大學(xué)附屬第七醫(yī)院（深圳）葉麗平團(tuán)隊(duì)

“本次服務(wù)體驗(yàn)非常出色。從質(zhì)譜檢測(cè)到數(shù)據(jù)分析，整個(gè)流程高效且專業(yè)，售前售后服務(wù)響應(yīng)及時(shí)、耐心細(xì)致，為我們的研究提供了堅(jiān)實(shí)的數(shù)據(jù)支持?！?/p>

服務(wù)案例：Tian, Qin et al. “Branched-Chain αKeto-Acid Dehydrogenase Kinase-Mediated AKT PhosphorylationPromotes RCC Tumorigenesis and Drug Resistance.” Advanced science(Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) vol. 12,40 (2025): e11081.doi:10.1002/advs.202411081

譜度眾合dingjian質(zhì)譜矩陣賦能科研：提供全場(chǎng)景、高深度蛋白質(zhì)組學(xué)一站式服務(wù)

譜度眾合作為專業(yè)的蛋白質(zhì)組學(xué)科研服務(wù)平臺(tái)，我們深知高質(zhì)量的底層數(shù)據(jù)是科研突破的基石。為此，我們依托武漢生物技術(shù)研究院，打造業(yè)內(nèi)罕見(jiàn)的全矩陣高分辨質(zhì)譜平臺(tái)，全面覆蓋Thermo Scientific (賽默飛) 與 Bruker(布魯克) 兩大dingjian質(zhì)譜陣營(yíng)，結(jié)合高效的樣本前處理系統(tǒng)（如上海凈信Cryogrinder冷凍研磨儀，確保珍貴樣本的無(wú)損提?。瑸槟幕A(chǔ)醫(yī)學(xué)研究、藥物靶點(diǎn)開(kāi)發(fā)及機(jī)制探索提供jizhi的靈敏度與重現(xiàn)性。

譜度眾合核心質(zhì)譜硬件平臺(tái)

為了滿足從常規(guī)蛋白質(zhì)定性定量到極微量樣本探索的不同需求，譜度眾合配備了以下dingji質(zhì)譜儀集群：

1. 布魯克(Bruker) timsTOF4D-蛋白質(zhì)組學(xué)系列

憑借捕集離子淌度（TIMS）與 PASEF技術(shù)，該系列在極大地提升了分析速度的同時(shí)，賦予了數(shù)據(jù)第四維度（CCS碰撞截面積）的解析能力。

①　BrukertimsTOF HT 質(zhì)譜儀：新一代旗艦，突破性的超高通量與檢測(cè)深度，是大隊(duì)列樣本和深度蛋白質(zhì)組學(xué)描繪的juejia利器。

②　timsTOFPro 2 & timsTOF Pro 離子淌度質(zhì)譜儀：4D-蛋白質(zhì)組學(xué)的biaogan平臺(tái)，極高靈敏度使其在微量樣本（如單細(xì)胞或流式分選細(xì)胞）以及復(fù)雜的翻譯后修飾（PTM）分析中表現(xiàn)zhuoyue。

2. 賽默飛(Thermo Scientific) Orbitrap軌道阱高分辨系列

以其超高的分辨率、jingque質(zhì)量數(shù)和強(qiáng)大的定量能力，長(zhǎng)期占據(jù)蛋白質(zhì)組學(xué)研究的核心地位。

①　OrbitrapAstral 質(zhì)譜儀：劃時(shí)代的革命性儀器，結(jié)合了高通量、高覆蓋率與超高靈敏度，引領(lǐng)下一代精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)與深層蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究。

②　OrbitrapExploris? 480 質(zhì)譜儀：兼具jizhi性能與zhuoyue的系統(tǒng)穩(wěn)定性，是 TMT標(biāo)記定量、非標(biāo)定量（LFQ）及血漿等復(fù)雜基質(zhì)深度挖掘的理想選擇。

③　 HF & HF-X復(fù)合四極桿-軌道阱質(zhì)譜儀：經(jīng)典的“科研主力軍”。在常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定、蛋白-蛋白相互作用（PPI）分析以及鄰近標(biāo)記質(zhì)譜（PL-MS）等精細(xì)化驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)中，提供極其堅(jiān)實(shí)、可靠的數(shù)據(jù)支撐。

為什么選擇我們？

無(wú)論您是進(jìn)行藥物靶點(diǎn)研究、探索復(fù)雜的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，還是進(jìn)行機(jī)制深挖，我們完備的質(zhì)譜矩陣都能為您匹配Zui適合的檢測(cè)方案。我們拒絕“一機(jī)多用”的妥協(xié)，堅(jiān)持“專機(jī)專用”，通過(guò)Zui契合的硬件、標(biāo)準(zhǔn)化的流程和深度的生信分析，助您的科研成果加速登陸頂刊。