無法對抗善意第三人：根據(jù)《商標(biāo)法》第四十三條規(guī)定，商標(biāo)使用許可未經(jīng)備案不得對抗善意第三人。例如，商標(biāo)權(quán)人甲先與乙簽訂了商標(biāo)使用許可合同但未備案，之后又與丙簽訂了許可合同并辦理了備案，若丙不知道甲與乙的合同存在，那么丙就是善意第三人，乙不能以其與甲的合同來對抗丙，丙有權(quán)使用該商標(biāo)。

面臨行政處罰：根據(jù)相關(guān)規(guī)定，商標(biāo)使用許可不備案的，許可人或被許可人所在地的工商行政管理機(jī)關(guān)將責(zé)令其限期改正；若當(dāng)事人拒不改正，將面臨一萬元以下的罰款，并可能進(jìn)一步導(dǎo)致商標(biāo)局撤銷該注冊商標(biāo)。

訴訟舉證困難：未備案的商標(biāo)許可合同在法律上的效力可能會受到一定影響。一旦發(fā)生商標(biāo)侵權(quán)糾紛，被許可人在主張自身權(quán)利時(shí)，可能會因?yàn)楹贤磦浒付媾R舉證困難的局面，難以充分證明其獲得許可的合法性，從而增加維權(quán)成本。

商業(yè)合作受影響：未備案的商標(biāo)許可可能會導(dǎo)致交易的不確定性增加。第三方在與被許可人進(jìn)行交易時(shí)，可能會對商標(biāo)許可的真實(shí)性和有效性產(chǎn)生疑慮，從而影響交易的順利進(jìn)行，甚至可能導(dǎo)致交易的撤銷或無效。此外，商標(biāo)質(zhì)押、融資審查時(shí)也可能因缺少備案信息而受阻。