公司由于自身經營等各種原因終止經營需要注銷的，在注銷清算過程中繳納完企業(yè)所得稅后，如有剩余財產需要分配給股東，公司股東為自然人的情況下，如何繳納個人所得稅呢？

有人認為，個人股東取得的剩余財產應根據《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]60號）第五條的規(guī)定計算繳納個人所得稅，即被清算企業(yè)的股東分得的剩余資產的金額，其中相當于被清算企業(yè)累計未分配利潤和累計盈余公積中按該股東所占股份比例計算的部分，應確認為股息所得；剩余資產減除股息所得后的余額，超過或低于股東投資成本的部分，應確認為股東的投資轉讓所得或損失。

舉個例子，A公司有甲、乙兩個自然人股東，公司成立時分別出資60萬元和40萬元，公司實收資本100萬元。

經過一段時間的經營，公司凈資產達到500萬元，期間一直未分配利潤，乙將其持有的A公司40%的股權以公允價值轉讓給甲，取得股權轉讓價款500*40%=200萬元，在轉讓過程乙繳納個人所得稅32萬元[（200-40）*20%。

注：此處忽略轉讓過程中的相關稅費]。

甲購買乙的股權后，投資成本為260萬元（60+200）。后續(xù)甲也不準備經營A公司了，將A公司注銷，假設A公司清算繳納完企業(yè)所得稅后，貨幣資金為500萬元，實收資本100萬元，盈余公積和未分配利潤400萬元。如果按照財稅[2009]60號第五條的順序，甲取得剩余財產500萬元，確認為股息所得400萬元，繳納個人所得稅80萬元，剩余資產減除股息所得后的余額100萬元低于投資成本260萬元的部分為投資損失160萬元。這樣就造成甲重復繳納了32萬元的個人所得稅。

 我們來分析一下：

首先，財稅[2009]60號文件規(guī)范的是企業(yè)所得稅的處理，之所以這樣規(guī)定，是因為在《企業(yè)所得稅法》中，符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權益性投資收益免征企業(yè)所得稅。

其次，《國家稅務總局關于印發(fā)<中華人民共和國企業(yè)清算所得稅申報表>的通知》（國稅函[2009]388號）對于附表三《剩余財產計算和分配明細表》的填報說明規(guī)定，第13－17行“其中確認為股息金額”列：填報清算企業(yè)的各股東從清算企業(yè)剩余財產分得財產中，相當于累計未分配利潤和累計盈余公積按照其持有清算企業(yè)權益性投資比例計算確認的部分。清算企業(yè)的非企業(yè)所得稅納稅人股東不填此列。

因此，公司注銷，個人股東取得剩余財產不能按照財稅[2009]60號文件的順序計算個人所得稅。

 那如何計算呢？

根據國家稅務總局發(fā)布的《關于個人終止投資經營收回款項征收個人所得稅問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第41號）第一條規(guī)定，個人因各種原因終止投資、聯(lián)營、經營合作等行為，從被投資企業(yè)或合作項目、被投資企業(yè)的其他投資者以及合作項目的經營合作人取得股權轉讓收入、違約金、補償金、賠償金及以其他名目收回的款項等，均屬于個人所得稅應稅收入，應按照“財產轉讓所得”項目適用的規(guī)定計算繳納個人所得稅。

納稅所得額的計算公式如下：

應納稅所得額=

個人取得的股權轉讓收入、違約金、補償金、賠償金及以其他名目收回款項合計數(shù)—原實際出資額（投入額）及相關稅費

根據國家稅務總局公告2011年第41號的規(guī)定，上面案例中A公司注銷，甲個人股東應繳納的個人所得稅為48萬元[（500-260）*20%]。