在各種水體，特別是污染水體中存在有大量的有機(jī)物質(zhì)，適于各種微生物的生長(zhǎng)，因此水體是僅次于土壤的第二種微生物天然培養(yǎng)基。水體中的微生物主要來源于土壤，以及人類的動(dòng)物的排泄物及污染。水體中微生物的數(shù)量和種類受各種環(huán)境條件的制約。

     水體中的致病性微生物一般并不是水中原有微生物，大部分是從外界環(huán)境污染而來，特別是人和其它溫血?jiǎng)游锏募S便污染。水中常見的致病性細(xì)菌主要包括：志賀氏菌、沙門氏菌、大腸桿菌、小腸結(jié)炎耶爾森氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌等。
     在實(shí)際控制中，對(duì)水質(zhì)衛(wèi)生質(zhì)量的評(píng)價(jià)和控制，是無法對(duì)各種可能存在的致病微生物一一進(jìn)行檢測(cè)，而一般利用對(duì)指示菌的檢測(cè)和控制，來了解水體是否受到過人畜糞便的污染，是否有腸道病原微生物存在的可能，從而評(píng)價(jià)水的質(zhì)量，以保證水質(zhì)的衛(wèi)生安全。

     目前，一般認(rèn)為大腸菌群是指示水質(zhì)受糞便污染較好的指示菌。

我國(guó)水質(zhì)控制也采用大腸菌群作為指示菌，按照GB 8538-2016 《中華人民共和國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)生活飲用水衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)》規(guī)定。

     在某些情況下，水體中的細(xì)菌總數(shù)也可指示水體受糞便等污染物污染的情況。這里的細(xì)菌總數(shù)其實(shí)是指營(yíng)養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)后形成的菌落總數(shù)。目前對(duì)于控制飲用水的衛(wèi)生質(zhì)量，除采用大腸菌群等指標(biāo)外，一般還采用細(xì)菌總數(shù)這個(gè)指標(biāo)。

     GB 8538-2016 食品安全國(guó)家標(biāo)準(zhǔn) 飲用天然礦泉水檢驗(yàn)方法 代替了GB/T5009.167-2003;GB/T 8538-2008。

     飲用水微生物指標(biāo)：總大腸菌群、耐熱大腸菌群、大腸埃希氏菌、致病菌、菌落總數(shù)

     工業(yè)用水微生物指標(biāo)：菌落總數(shù)、大腸菌群、霉菌、酵母菌、沙門氏菌、志賀氏菌、大腸埃希氏菌、副溶血性弧菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、產(chǎn)氣夾膜梭菌、蠟樣芽孢桿菌、單核細(xì)胞增生李斯特氏菌、軍團(tuán)菌、霍亂弧菌、阪崎腸桿菌、空腸彎桿菌、銅綠假單胞菌、腸球菌等