一、進(jìn)出口報關(guān)，入?yún)^(qū)退稅
深圳出口加工區(qū)具有入?yún)^(qū)退稅功能，保稅區(qū)具有境內(nèi)關(guān)外入?yún)^(qū)退稅政策，辦理保稅區(qū)進(jìn)出口報關(guān)，商檢，國內(nèi)貨物進(jìn)入保稅區(qū)視同出口，享受出口
二、保稅區(qū)內(nèi)開展貨物包裝、組裝、保稅簡單加工：
保稅倉庫開展貨物簡單加工，貨物分級分類、分拆分揀、分裝、組合包裝、打膜、加刷碼、刷貼標(biāo)志、更換包裝、拼裝等
三、進(jìn)口貨物保稅區(qū)倉儲分批報關(guān)：
國外進(jìn)口貨物先進(jìn)入保稅區(qū)倉儲，在保稅區(qū)倉庫進(jìn)行貨物分揀貼標(biāo)，包裝等，再根據(jù)國內(nèi)買方需求再分批征稅進(jìn)口到國內(nèi)，為企業(yè)減輕全部一起征稅的關(guān)稅壓力，和為企業(yè)做到零庫存。
四、保稅區(qū)集拼，出口退稅，拼柜出口：
很多國外企業(yè)在我國進(jìn)行采購,因品種繁多,單一的供應(yīng)商供貨量達(dá)不到整柜發(fā)貨,若以包柜發(fā)貨,成本增加很多。如以保稅倉庫為集散地，要求國內(nèi)供應(yīng)商將貨物出口到我司倉庫，國外供應(yīng)商進(jìn)境交到保稅區(qū)我司倉庫，在我司倉庫進(jìn)行分揀，拼箱拼柜，再發(fā)到全球各國分銷商處，大大降低倉儲成本、人工操作成本與運(yùn)輸成本。

案例：
1、某貿(mào)易商為某航空公司負(fù)責(zé)航空旅行套裝的采購與包裝，在國內(nèi)采購的產(chǎn)品含（手包、牙膏、牙刷、梳子、浴巾、浴帽）等，因供應(yīng)商分別在珠三角與浙江等地，分別還要滿足各供應(yīng)商出口退稅與買單等功能，同時還需要匯集、分揀、拼裝成整套套裝出口。利用保稅政策國內(nèi)加貿(mào)性質(zhì)工廠將安排手冊轉(zhuǎn)關(guān)或清關(guān)將貨物交到海關(guān)監(jiān)管區(qū)，國內(nèi)一般貿(mào)易性質(zhì)的工廠將以一般貿(mào)易清關(guān)出口方式交貨到海關(guān)監(jiān)管區(qū)，貿(mào)易商在保稅區(qū)租賃包裝工人，對貨物進(jìn)行分類、組裝、再包裝等操作，再將貨物拼成整柜發(fā)到美國指定地。
深圳坪山綜合保稅區(qū)地域優(yōu)勢：
深圳坪山綜合保稅區(qū)地處深圳、東莞、惠州三市交匯處，為廣大的加工貿(mào)易企業(yè)提供便利的通關(guān)和物流服務(wù)，距深圳寶安機(jī)場60公里，至鹽田國際集裝箱港口、廣深鐵路編組站均約25公里，離文錦渡、羅湖、皇崗等陸路口岸約40公里，形成了海、陸、空立體交通網(wǎng)絡(luò)。享有中國開放政策的深圳出口加工區(qū)被稱作“境內(nèi)的中國香港倉庫”，中轉(zhuǎn)功能和中國香港完全一樣。實(shí)行“境內(nèi)關(guān)外”的運(yùn)作模式，貨物從中國香港自由進(jìn)出綜保區(qū)，報關(guān)采用備案制，原料從中國香港碼頭下船后在2.5個小時內(nèi)就可直接運(yùn)進(jìn)綜保區(qū)，具備了中國香港作為物流中心的一切條件。綜保區(qū)內(nèi)的費(fèi)用比起中國香港要低很多（存?zhèn)}費(fèi)只有中國香港的1/4，而人工費(fèi)僅僅是中國香港人工費(fèi)的1/8），可以為企業(yè)節(jié)約大量成本。同時，由于綜保區(qū)地處深港之間，從綜保區(qū)向工廠供料快捷方便，為生產(chǎn)供應(yīng)系統(tǒng)提供了有力的保障。深圳坪山綜合保稅區(qū)是經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)設(shè)立的、海關(guān)實(shí)施特殊監(jiān)管的經(jīng)濟(jì)區(qū)域，其功能定位為“保稅倉儲、出口加工、轉(zhuǎn)口貿(mào)易、保稅檢測維修”四大功能。